De Keizersgrachtkerk is de eerste van een serie van vijf kerken die in de jaren 1888-1892 in Amsterdam worden gebouwd voor de Nederduitse Gereformeerde Kerk of Dolerende kerk. Dit kerkgenootschap is ontstaan ten gevolge van een kerkscheuring, de Doleantie, die in 1886  onder leiding van dominee Abraham Kuyper plaats vindt. In 1892 verenigd het kerkgenootschap zich met andere afscheidingsbewegingen in de Gereformeerde Kerken in Nederland. Van deze vijf kerken is de Keizersgrachtkerk de enige die nog in gebruik is. De architectuur vertoont een bijzondere variant van de neogotiek, met Venetiaanse inslag. In 1958 ondergaat de kerk een moderniserende restauratie. Sinds 2001 is de kerk een van de 200 nieuwe rijksmonumenten.

De dolerenden leden

De dolerenden leden verlaten in 1886 de Nederlands Hervormde Kerk omdat, naar hun mening, de kerkelijke organisatie op dat moment een nieuwe reformatie in de weg staat. Na de afscheiding beschikken de dolerenden niet over een eigen kerkgebouw. Ze denken daar wel recht op te hebben en uit protest bezetten ze dan de kerkenraadskamer van de Nieuwe Kerk door een deurpaneel uit te zagen. Als hun actie mislukt, richten de dolerenden een eigen kerkgenootschap op, de Nederduitse Gereformeerde Kerken. In 1887 wordt het kapitale zeventiende-eeuwse dubbelpand aan de Keizersgracht 566 aangekocht met als doel hier een eigen kerk te bouwen. Dat pand heeft ook stallen en een koetshuis aan de Kerkstraat. Aanvankelijk is het plan de kerk te bouwen aan de zijde van de Kerkstraat omdat een ander gereformeerd kerkgenootschap, de Afgescheidenen, al een kerk hebben aan de Keizersgracht 489. Twee kerken van gereformeerde afscheidingsbewegingen vlakbij elkaar aan één gracht kan wellicht tot verwarring leiden. Maar als de gemeente op grond van een keur uit 1663 geen toestemming verleent om de grachtentuin te bebouwen, komt de nieuwe kerk alsnog aan de Keizersgracht. Het zeventiende-eeuwse grachtenpand wordt afgebroken. Aan de Kerkstraat komt een dienst- annex schoolgebouw.

Bij de totstandkoming van de nieuwe kerk speelt Abraham Kuyper, hoogleraar aan de Vrije Universiteit, een grote rol. Op zijn aandringen worden ook niet-gereformeerde architecten voor een besloten prijsvraag uitgenodigd, onder wie A. van Gendt en G.B. Salm. Tot het eisenpakket behoort onder andere dat de kerk plaats bied aan 1600 gemeenteleden, maar in de bouwstijl worden de architecten vrij gelaten. Het ontwerp van vader G.B. en zoon A. Salm, Soli Deo Gloria(Alleen aan God de eer) geheten, geniet de voorkeur. Al op 4 november 1888 wordt de kerk in gebruik genomen met drie druk bezochte inwijdingsdiensten.