De Nieuwe Kerk wordt liggend naast het paleis, sinds soeverein-vorst Willem in 1814 in deze kerk de eed op de grondwet aflegde, ook gebruikt voor de inzegening van Koninklijke huwelijken en voor inhuldigingen. De inhuldiging van Koningin Beatrix vond er plaats op 30 april 1980. Op dezelfde datum in 2013 zal de inhuldiging van haar zoon en opvolger Willem-Alexander ook daar plaatsvinden.

Op 2 februari 2002 is het in de Beurs van Berlage gesloten huwelijk van Prins Willem-Alexander en Prinses Máxima in de kerk ingezegend. Als het bruidspaar de kerk betreed worden de luiken van het, door Johannes Wolfgang Schonat in 1652-1655, Jacobus Galtusz. van Hagerbeer in 1668-1670 en Roelof Barentsz. Duyschot in 1670-1673 gebouwde en in 1981 door orgelbouwerij Marcussen & Søn in samenwerking met Cor Edskes gerestaureerde, hoofdorgel geopend als een omarming van het paar. Deze unieke beelden gingen de hele wereld over.

In de kerk bevindt zich de graftombe van Michiel Adriaenszoon de Ruyter. De tombe is het werk van Rombout Verhulst en Willem de Keyser. Ook Jan van Galen, Joost van den Vondel, Johannes Snippendaal en de weduwe Borski hebben in de Nieuwe Kerk hun laatste rustplaats gevonden.