Hoofdorgel

In 1645, na de grote brand van het dak,  besluit de Stad Amsterdam voor De Nieuwe Kerk een hoofdorgel te laten maken door German van Hagerbeer. Hij neemt het werk aan, maar overlijd in april 1646. De nieuwe opdracht wordt pas in 1650 gesloten met Johannes Wolfgang Schonat. Hij bouwt tussen 1652 en 1655 het orgel. De orgelkast is van Jacob van Campen [1596–1657] en de schilderingen zijn van Jan Gerritsz. van Bronckhorst [1603–1661]. Het beeldhouwwerk aan de onderzijde is van Artus Quellinus [1609–1668] die ook voor het beeldhouwwerk in het naastgelegen stadhuis zorgde. De beste kunstenaars hebben eraan meegewerkt en het resultaat is ernaar: een monumentaal ensemble, dat oogt als een klassieke tempel.

De decoratie staat in het teken van de muziek. Boven op het orgel staat koning David met zijn harp, samen met twee vrouwen die de zang- en de speelkunst verbeelden. De beschilderde luiken eronder tonen Davids zalving tot koning. Op de benedenluiken staan muzikanten en achter een raam de schilder zelf. Zijn de luiken open, dan is links Davids triomftocht na het doden van Goliath te zien en rechts, David die harp speelt voor Saul. Ook in de overige decoraties is de muziek een terugkerend thema. In het reliëf onder het orgel is het oude symbool van Amsterdam te vinden, het koggeschip.

Bij de bouw van het orgel is het balgenhuis geplaatst in de dan al gebouwde torenstomp, Het instrument heeft bij de  oplevering twee manualen en vrij pedaal met ongeveer 26 registers. Organist in de Nieuwe Kerk is dan de bekende organist en componist Anthonie van Noordt.

Reeds in 1668 wilt men het orgel verbouwen. Het werk wordt aanbesteed aan Jacobus van Hagerbeer, maar ook hij overlijd in 1670. Zijn meesterknecht Roelof Barentszoon Duyschot neemt het werk over en voltooide het in 1673. Waarschijnlijk breidde hij het orgel uit met 17 registers en een derde manuaal. Het heeft dan (volgens Hess) 43 stemmen. Het orgel heeft zeer veel pijpverdubbelingen die voor het grootste deel door Van Hagerbeer zijn geplaatst.

Na deze periode werkt Johannes Duyschot nog aan het orgel. In 1698 vernieuwt hij veel versleten onderdelen.

Het onderhoud van het orgel is tot 1723 in handen van Johannes Duyschot. Zijn zoon Andries neemt dit over tot 1732. Hierna is Matthias Schultze tot zijn dood in 1753 de onderhoudsbouwer. Hij maakt in 1750 een nieuw pedaalklavier. Christiaan Müller onderhoud het tot 1762 en zijn tremulant is nog altijd aanwezig. Pieter Müller volgt hem op in 1762. Die maakte in 1776 nieuwe klavieren en koppels. In 1780 gaat het onderhoud over in handen van Jan Jacob Vool. In de negentiende eeuw waren het Hermanus Knipscheer sr. en jr. die het onderhoud plegen.

In 1825 bouwde Knipscheer sr. een nieuwe Trompet voor het hoofdwerk. Knipscheer jr. voerde in 1836 reparaties uit. Deze werden echter niet goedgekeurd. Jonathan Bätz restaureerde het hele orgel in de jaren 1838-1840. Hij voegde enkele stemmen toe en verwijderde een groot deel van de dubbelkoren. Het onderhoud bleef hierna bij Bätz en later bij Witte.

In 1912 werd het balghuis afgebroken bij de restauratie van de kerk. Maarschalkerweerd maakte een nieuwe windvoorziening en wijzigde enkele stemmen. Steenkuyl wijzigde nog enkele stemmen in 1916 en de registerborden in 1921. J. de Koff voerde een betrekkelijke restauratie uit in 1956/1957. In 1959 werd het orgel gedemonteerd wegens de bouwvalligheid en de gehele restauratie van de kerk.

De voorbereidingen voor de grote restauratie begonnen reeds in 1961.

In 1970 startten Marcussen & Son met een restauratie en reconstructie van de situatie van vlak vóór het ingrijpen van Bätz (1838), echter met behoud van enkele stemmen van Bätz. Adviseur bij de werkzaamheden was Cor Edskes, terwijl Onno Wiersma namens de Rijksdienst voor Monumentenzorg betrokken was bij het werk. De restauratie werd voltooid in oktober 1981. Alle verdubbelingen werden weer teruggeplaatst. Op 8 november 1981 is het orgel weer in gebruik genomen met een concert door Gustav Leonhardt en Bernard Winsemius.

Transseptorgel

Het kleine zestiende-eeuwse orgel bleef bij de brand van 1645 gespaard, omdat het op dat moment in het atelier van orgelbouwer Germer Galtusz van Hagerbeer[†1646] is voor een restauratie. Hij heeft in 1644 de opdracht gekregen om het orgel te renoveren. Nog in het jaar van de brand wordt het vernieuwde orgel, voorzien van het stadswapen van Amsterdam, weer teruggeplaatst. Tot de voltooiing van het hoofdorgel in 1655 is dit transeptorgel het enige instrument in de kerk. Daarna wordt het alleen nog bespeeld als de kerk open is, maar niet tijdens diensten. Na 1700 wordt het vrijwel niet meer gebruikt omdat het niet meer goed functioneert. Er vinden wel nog herstelwerkzaamheden plaats in in de jaren 1753 (Christian Müller), 1774 (Pieter Müller) en (1781 Jan Jacob Vool). In 1866 plaatst de firma Flaes & Brünjes nieuwe frontpijpen maar van een verdere restauratie komt het niet.

Als gevolg van de ingrijpende restauratie van het kerkgebouw aan het begin van de 20ste eeuw gaat  de windvoorziening en het pijpwerk verloren. In 1948 voert D.A. Flentrop onder advies van Mr. A. Bouman een reconstructie uit waarbij men zich maar beperkt laat leiden door het nog bewaarde oude materiaal. In 1959 wordt de Nieuwe Kerk wegens bouwvalligheid gesloten en worden de orgels gedemonteerd en opgeslagen.

Het is tussen 1986–1989 gerestaureerd door Flentrop Orgelbouw, het orgel krijgt een nieuwe windvoorziening en nieuw pijpwerk; de oude windladen, klaviatuur en mechanieken worden gerestaureerd.

Het orgel heeft een sierlijke opbouw met drie torens. De galerij rechts van het orgel wordt de wezengalerij genoemd, naar de kinderen uit het Burgerweeshuis die hier de dienst konden bijwonen.

De kas van dit orgel heeft een voor de 17de eeuws orgel ongebruikelijke opbouw. Waarschijnlijk komt dit doordat delen ervan ouder zijn dan 1644. De gebogen vorm van de hoofdkas zet zich voort in de tribune. Opvallend zijn de zuiltjes die de verbinding vormen tussen balustrade en front. Ook de toogpanelen zijn een kenmerkend gegeven.

Samen met delen van het blinderingsnijwerk en de bekroningen zouden deze delen tot het oudste bouwbestand kunnen behoren.

Op 6 juni 1989 volgde de officiële ingebruikname van het geheel gereconstrueerde orgel. Adviseurs bij de werkzaamheden waren Cor Edskes en Onno Wiersma. Bij de ingebruikname werd het orgel bespeeld door Gustav Leonhardt en Bernard Winsemius.

De klavieren van het transeptorgel in De Nieuwe Kerk zijn de meest bijzondere van Nederland. Het zijn nog altijd de oorspronkelijke klavieren uit de zeventiende eeuw, met een zgn. gebroken octaaf in de bas. Het toetsbeleg is uniek: de ‘witte’ toetsen zijn bekleed met wortel-bruyère, een zeer kostbare houtsoort met een prachtige tekening.